Phân chia hành chính của triều Nguyên về đại thể là kế thừa chế độ triều Kim và triều Tống, tuy nhiên có hai khác biệt: thời Nguyên diện tích mà các lộ quản lý giảm thiểu, một lộ chỉ có hai châu; triều Nguyên trên cấp lộ thiết lập đơn vị hành tỉnh, cuối cùng hành tỉnh thay thế lộ trở thành khu hành chính cấp một, hình thành chế độ tỉnh, đây là lần đầu tiên trong lịch sử Trung Quốc toàn quốc thực thi chế độ hành tỉnh. Phân chia hành chính triều Nguyên từ cao xuống thấp phân thành hành tỉnh, lộ, phủ, châu và huyện, ngoài ra còn có lãnh thổ do Tuyên chính viện quản lý tương đương với hành tỉnh, "phúc lý" do Trung thư tỉnh trực tiếp quản lý cùng thổ ti ngang cấp châu[26].

Phúc lý là lộ phủ do Trung thư tỉnh trực tiếp quản lý, Tuyên chính viện chủ quản khu vực Thổ Phồn. Thủ trưởng hành chính chủ yếu là người Mông Cổ, người Hán là phó. Mỗi tỉnh đặt một thừa tướng, bên dưới có bình chương, tả hữu thừa tướng tức quan viên 'tham tri chính sự', danh xưng nói chung tương đồng với Trung thư tỉnh. Thời Nguyên, các khu vực hành chính dưới cấp hành tỉnh đều đặt Đạt lỗ hoa xích làm thủ trưởng địa phương, đồng thời cho người Hán hoặc người thuộc dân tộc bản địa làm phó, để tạo thuận lợi cho người Mông Cổ khống chế địa phương. Mỗi lộ có Đạt lỗ hoa xích làm chủ, tổng quản là một người cấp phó. Tại phủ châu huyện đều cho Đạt lỗ hoa xích làm chủ, doãn làm phó. Châu, huyện đều đều được phân thành ba hạng là thượng, trung, hạ; tại các trung hạ châu đổi châu doãn thành tri châu. Thổ ty phân thành Tuyên úy sứ, Tuyên phủ sứ và An phủ sứ, tại Hồ Quảng hành tỉnh cho đặt 15 an phủ ty; tại Hồ Quảng và Tứ Xuyên phân đến bốn 'quân'. An phủ ty và quân đặt tại biên cảnh, khoảng tương đương với hạ châu tại nội địa, cũng đặt Đạt lỗ hoa xích làm chủ, người phó là nhân sĩ địa phương[26]. Cấp cơ bản dưới cấp huyện theo phường lý chế trong thành và thôn xã chế tại nông thôn. Phương lý chế trong thành phân thành các đơn vị gọi là ngung (như Đông Tây ngung, Tây Nam ngung), dưới ngung đặt phường, đặt chức phường quan, phường ti. Dưới phường đặt lý hoặc xã, đặt chức lý chính, xã trưởng; có nơi đặt hạng chứ không đặt lý, đặt chức hạng trưởng. Thôn xã chế dưới cấp huyện đặt các hương, đặt chức hương trưởng, có nơi đặt lý chính. Dưới cấp hương đặt đô, đặt chức chủ thủ. Dưới đô đặt thôn xã, xã đặt chức xã trưởng[26]。

Hành trung thư tỉnh có tên đầy đủ là "Mỗ mỗ đẳng xứ hành trung thư tỉnh", gọi tắt là "Mỗ mỗ hành trung thư tỉnh" hoặc "Mỗ mỗ hành tỉnh", bắt nguồn từ Hành thượng thư tỉnh của triều Kim. Bắt nguồn từ việc văn hóa tại các lãnh thổ mới chinh phục được có khác biệt lớn, do vậy chính phủ trung ương đặt đơn vị ngoại phái để quản lý. Do nhu cầu chiến tranh, hành tỉnh ngoài việc phụ trách hành chính còn phụ trách quân sự, cuối cùng hình thành khu hành chính cấp một. Ngay từ thời kỳ Mông Cổ đã thiết lập ba đoạn sự quan hoặc hành thượng thư tỉnh là Yên Kinh (Hoa Bắc Hán địa), Biệt Thất Bát Lý (Tây Liêu và Tân Cương ngày nay), A Mẫu Hà (khu vực Transoxiana). Những năm đầu triều Nguyên, phạm vi quản lý của hành tỉnh rất lớn, thay đổi tương đối thường xuyên, chủ yếu do quan viên cấp tể chấp thuộc Trung thư tỉnh tạm đến một khu vực phụ trách hành chính hoặc chinh phạt. Năm 1260, Nguyên Thế Tổ cho đặt 10 lộ tuyên phủ ty trong toàn quốc, năm thứ hai thì bãi bỏ. Năm sau, đổi sang đặt 10 lộ tuyên úy ty, dần thành định chế, đồng thời cho đặt Thiểm Tây Tứ Xuyên hành tỉnh. Sau đó đến khi diệt Tống mới bãi bỏ, phần nhiều chọn chế độ song hành tuyên úy ti và hành tỉnh. Hành tỉnh đại đa số đặt tại cương vực Tây Hạ, Đại Lý và lãnh thổ mới chiếm từ Nam Tống, gọi là "Trung thư tỉnh thần xuất hành tỉnh sự", sau khi diệt Nam Tống đem toàn quốc phân thành phúc lý trực thuộc Trung thư tỉnh, lãnh thổ do Tuyên chính viện quản lý và hơn mười hành trung thư tỉnh, đồng thời đặt hành tỉnh chuyên quản chinh thảo ngoại quốc. Năm 1321 trong thời kỳ Nguyên Anh Tông tổng cộng đặt 11 hành tỉnh (bao gồm Chinh Đông hành tỉnh đặt tại quốc gia phiên thuộc là Cao Ly[27]). Đến những năm cuối triều Nguyên, số hành tỉnh tăng đến 15[26].

• Khu hành chính cấp một

1. Phúc lý: Do Trung thư tỉnh trực tiếp quản lý, là khu vực phụ cận Đại Đô, ước đoán nay bao trùm Hà Bắc, Sơn Đông, Sơn Tây và bộ phận Nội Mông.
2. Lãnh thổ trực thuộc Tuyên chính viện: Tuyên chính viện ngoài việc quản lý sự vụ Phật giáo toàn quốc, còn quản lý sự vụ quân chính tại khu vực Thổ Phồn, ước đoán nay bao trùm Thanh Hải, Tây Tạng.
3. Hành trung thư tỉnh: Thời kỳ từ Nguyên Thế Tổ đến Nguyên Thành Tông đặt 10 đơn vị: Thiểm Tây, Liêu Dương, Cam Túc, Hà Nam Giang Bắc, Tứ Xuyên, Vân Nam, Hồ Quảng, Giang Chiết, Giang Tây, Lĩnh Bắc.

Ngoài ra, các lãnh thổ Cáp Mật Lực (nay là địa khu Cáp Mật), Bắc Đình đô nguyên soái phủ (Biệt Thất Bát Lý) và Hỏa Châu nằm về phía tây của Cam Túc hành tỉnh không thuộc quyền quản lý của hành tỉnh nào.[28].

• Chinh thảo hành tỉnh:

1. Chinh Tống hành tỉnh: như Thiểm Tây Tứ Xuyên hành tỉnh, Hà Đông hành tỉnh, Bắc Kinh hành tỉnh, Sơn Đông hành tỉnh, Tây Hạ Trung Hưng hành tỉnh, Nam Kinh Hà Nam phủ đẳng lộ hành tỉnh, Vân Nam hành tỉnh, Kinh Hồ hành tỉnh, Giang Hoài hành tỉnh. Sau khi diệt Tống, định hình giống như hành trung thư tỉnh.
2. Chinh Ngoại hành tỉnh: Tại Cao Ly cho đặt Chinh Đông hành tỉnh (còn gọi là Nhật Bản hành tỉnh), tại Miến Điện cho đặt Miến Trung hành tỉnh (còn gọi là Chinh Miến hành tỉnh), tại An Nam cho đặt Giao Chỉ hành tỉnh (còn gọi là An Nam hành tỉnh), tại Chiêm Thành cho đặt Chiêm Thành hành tỉnh. Chúng đều là cấu trúc mang tính lâm thời, hoàn thành công việc thì lập tức bãi bỏ, chỉ có Chinh Đông hành tỉnh đến sau trung kỳ triều Nguyên, ổn định thành tước Cao Ly vương. Thừa tướng hành tỉnh phân biệt do quốc vương bản địa hoặc chủ tướng quân viễn chinh đảm nhiệm, là quốc gia phiên thuộc, có tính chất không giống với hành tỉnh khác[28].
3. Bình loạn hành tỉnh: Đối phó với dân biến thời Nguyên mạt, triều đình Nguyên trước sau tại các nơi như Tế Ninh, Chương Đức, Ký Ninh, Bảo Định, Chân Định, Đại Đồng đặt trung thư phân tỉnh. Triều đình còn phân biệt thiết lập Hoài Nam Giang Bắc hành tỉnh, Phúc Kiến hành tỉnh, Sơn Đông hành tỉnh, Quảng Tây hành tỉnh, Giao Đông hành tỉnh và Phúc Kiến Giang Tây hành tỉnh.

Ngoài ra, quân khởi nghĩa thời Nguyên mạt cũng đặt hành tỉnh để thuận tiện trong việc thống trị, như Giang Nam hành tỉnh, Biện Lương hành tỉnh, Lũng Thục hành tỉnh, Giang Tây hành tỉnh của Thiên Hoàn; Giang Nam hành tỉnh, Ích Đô hành tỉnh của Hàn Tống; cùng với Giang Tây hành tỉnh, Hồ Quảng hành tỉnh, Giang Hoài hành tỉnh, Giang Chiết hành tỉnh do Chu Nguyên Chương đặt[26].